NIHVIVO-3665 - vitro components for new class hierarchy
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<!-- $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ -->
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<!-- $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ -->
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Build script for the Vitro core webapp.
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Build script for the Vitro core webapp.
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This can be used on its own, or invoked from a Product build script.
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This can be used on its own, or invoked from a Product build script.
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====================================================================== -->
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@ -12,7 +12,7 @@
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<!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
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<!-- - - - - - - - - - - - - - - - - -
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properties
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properties
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- - - - - - - - - - - - - - - - - -->
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- - - - - - - - - - - - - - - - -->
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<dirname property="corebase.dir" file="${ant.file.vitroCore}" />
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<dirname property="corebase.dir" file="${ant.file.vitroCore}" />
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<!-- A product script will override appbase.dir, but not corebase.dir -->
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<!-- A product script will override appbase.dir, but not corebase.dir -->
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@ -115,7 +115,7 @@ deploy - Deploy the application directly into the Tomcat webapps directory.
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</not>
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</not>
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</condition>
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</condition>
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</fail>
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</fail>
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<!--
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<fail message="The vitro.home.directory "${vitro.home.directory}" is not writable.">
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<fail message="The vitro.home.directory "${vitro.home.directory}" is not writable.">
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<condition>
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<condition>
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<not>
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<not>
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@ -125,7 +125,7 @@ deploy - Deploy the application directly into the Tomcat webapps directory.
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</not>
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</not>
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</condition>
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</condition>
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</fail>
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</fail>
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-->
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<property name="solr.home.dir" location="${vitro.home.directory}/solr" />
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<property name="solr.home.dir" location="${vitro.home.directory}/solr" />
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</target>
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</target>
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@ -0,0 +1,117 @@
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/* $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ */
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package edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker;
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import java.net.URLEncoder;
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import java.util.ArrayList;
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import java.util.Collections;
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import java.util.HashMap;
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import java.util.Map;
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import java.util.Iterator;
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import java.util.List;
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import javax.servlet.RequestDispatcher;
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import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
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import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
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import org.apache.commons.lang.StringUtils;
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import org.apache.commons.logging.Log;
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import org.apache.commons.logging.LogFactory;
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.auth.permissions.SimplePermission;
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.auth.requestedAction.Actions;
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.VClass;
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.VClassGroup;
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||||||
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.VitroRequest;
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||||||
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker.responsevalues.ResponseValues;
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||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker.responsevalues.TemplateResponseValues;
|
||||||
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.VClassGroupDao;
|
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public class ListClassGroupsController extends FreemarkerHttpServlet {
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private static final Log log = LogFactory.getLog(ListClassGroupsController.class.getName());
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private static final String TEMPLATE_NAME = "siteAdmin-classHierarchy.ftl";
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@Override
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protected Actions requiredActions(VitroRequest vreq) {
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return SimplePermission.EDIT_ONTOLOGY.ACTIONS;
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|
}
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@Override
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protected ResponseValues processRequest(VitroRequest vreq) {
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Map<String, Object> body = new HashMap<String, Object>();
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try {
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||||||
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body.put("displayOption", "group");
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body.put("pageTitle", "Class Groups");
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VClassGroupDao dao = vreq.getFullWebappDaoFactory().getVClassGroupDao();
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List<VClassGroup> groups = dao.getPublicGroupsWithVClasses();
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String json = new String();
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int counter = 0;
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if (groups != null) {
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for(VClassGroup vcg: groups) {
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if ( counter > 0 ) {
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json += ", ";
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}
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String publicName = vcg.getPublicName();
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if ( StringUtils.isBlank(publicName) ) {
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publicName = "(unnamed group)";
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}
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try {
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||||||
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json += "{ \"name\": \"<a href='./editForm?uri="+URLEncoder.encode(vcg.getURI(),"UTF-8")+"&controller=Classgroup'>"+publicName+"</a>\", ";
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||||||
|
} catch (Exception e) {
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json += "{ \"name\": \"" + publicName + "\", ";
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||||||
|
}
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Integer t;
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json += "\"data\": { \"displayRank\": \"" + (((t = Integer.valueOf(vcg.getDisplayRank())) != -1) ? t.toString() : "") + "\"}, ";
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List<VClass> classList = vcg.getVitroClassList();
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||||||
|
if (classList != null && classList.size()>0) {
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|
json += "\"children\": [";
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||||||
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Iterator<VClass> classIt = classList.iterator();
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||||||
|
while (classIt.hasNext()) {
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||||||
|
VClass vcw = classIt.next();
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||||||
|
if (vcw.getName() != null && vcw.getURI() != null) {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
json += "{ \"name\": \"<a href='vclassEdit?uri="+URLEncoder.encode(vcw.getURI(),"UTF-8")+"'>"+vcw.getName()+"</a>\", ";
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
json += "\"" + vcw.getName() + "\", ";
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||||||
|
}
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||||||
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} else {
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|
json += "\"\", ";
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||||||
|
}
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|
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|
String shortDefStr = (vcw.getShortDef() == null) ? "" : vcw.getShortDef();
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json += "\"data\": { \"shortDef\": \"" + shortDefStr + "\"}, \"children\": [] ";
|
||||||
|
if (classIt.hasNext())
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|
json += "} , ";
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||||||
|
else
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|
json += "}] ";
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||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
json += "\"children\": [] ";
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||||||
|
}
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|
json += "} ";
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||||||
|
counter += 1;
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|
}
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|
}
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body.put("jsonTree",json);
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} catch (Throwable t) {
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t.printStackTrace();
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|
}
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return new TemplateResponseValues(TEMPLATE_NAME, body);
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}
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}
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@ -0,0 +1,141 @@
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/* $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ */
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package edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker;
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|
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import java.net.URLEncoder;
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import java.util.ArrayList;
|
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|
import java.util.Collections;
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||||||
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
import java.util.Iterator;
|
||||||
|
import java.util.LinkedList;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import javax.servlet.RequestDispatcher;
|
||||||
|
import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
|
||||||
|
import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang.StringUtils;
|
||||||
|
import org.apache.commons.logging.Log;
|
||||||
|
import org.apache.commons.logging.LogFactory;
|
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|
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|
import com.hp.hpl.jena.vocabulary.OWL;
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import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.auth.permissions.SimplePermission;
|
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|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.auth.requestedAction.Actions;
|
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|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.Ontology;
|
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|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.VClass;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.VClassGroup;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.ApplicationBean;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.VitroRequest;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker.responsevalues.ResponseValues;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker.responsevalues.TemplateResponseValues;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.OntologyDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.PropertyDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.VClassDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.VClassGroupDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.WebappDaoFactory;
|
||||||
|
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||||||
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|
public class ListVClassWebappsController extends FreemarkerHttpServlet {
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||||||
|
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||||||
|
private static final Log log = LogFactory.getLog(ListVClassWebappsController.class.getName());
|
||||||
|
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||||||
|
private static final String TEMPLATE_NAME = "siteAdmin-classHierarchy.ftl";
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
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||||||
|
protected Actions requiredActions(VitroRequest vreq) {
|
||||||
|
return SimplePermission.EDIT_ONTOLOGY.ACTIONS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
protected ResponseValues processRequest(VitroRequest vreq) {
|
||||||
|
|
||||||
|
Map<String, Object> body = new HashMap<String, Object>();
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
|
||||||
|
body.put("displayOption", "all");
|
||||||
|
body.put("pageTitle", "All Classes");
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||||||
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||||||
|
List<VClass> classes = null;
|
||||||
|
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||||||
|
if (vreq.getParameter("showPropertyRestrictions") != null) {
|
||||||
|
PropertyDao pdao = vreq.getFullWebappDaoFactory().getObjectPropertyDao();
|
||||||
|
classes = pdao.getClassesWithRestrictionOnProperty(vreq.getParameter("propertyURI"));
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
VClassDao vcdao = vreq.getFullWebappDaoFactory().getVClassDao();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vreq.getParameter("iffRoot") != null) {
|
||||||
|
classes = vcdao.getRootClasses();
|
||||||
|
} else {
|
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|
classes = vcdao.getAllVclasses();
|
||||||
|
}
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|
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||||||
|
}
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||||||
|
String json = new String();
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||||||
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int counter = 0;
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||||||
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||||||
|
String ontologyURI = vreq.getParameter("ontologyUri");
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||||||
|
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||||||
|
if (classes != null) {
|
||||||
|
Collections.sort(classes);
|
||||||
|
Iterator<VClass> classesIt = classes.iterator();
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||||||
|
while (classesIt.hasNext()) {
|
||||||
|
if ( counter > 0 ) {
|
||||||
|
json += ", ";
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||||||
|
}
|
||||||
|
VClass cls = (VClass) classesIt.next();
|
||||||
|
if ( (ontologyURI==null) || ( (ontologyURI != null) && (cls.getNamespace()!=null) && (ontologyURI.equals(cls.getNamespace())) ) ) {
|
||||||
|
if (cls.getName() != null)
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
json += "{ \"name\": \"<a href='./vclassEdit?uri="+URLEncoder.encode(cls.getURI(),"UTF-8")+"'>"+cls.getLocalNameWithPrefix()+"</a>\", ";
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
json += "{ \"name\": \"" + cls.getLocalNameWithPrefix() + "\", ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
json += "{ \"name\": \"\"";
|
||||||
|
String shortDef = (cls.getShortDef()==null) ? "" : cls.getShortDef();
|
||||||
|
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||||||
|
json += "\"data\": { \"shortDef\": \"" + shortDef + "\", ";
|
||||||
|
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|
// get group name
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|
WebappDaoFactory wadf = vreq.getFullWebappDaoFactory();
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|
VClassGroupDao groupDao= wadf.getVClassGroupDao();
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|
String groupURI = cls.getGroupURI();
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|
String groupName = "";
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|
VClassGroup classGroup = null;
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||||||
|
if(groupURI != null) {
|
||||||
|
classGroup = groupDao.getGroupByURI(groupURI);
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||||||
|
if (classGroup!=null) {
|
||||||
|
groupName = classGroup.getPublicName();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
json += "\"classGroup\": \"" + groupName + "\", ";
|
||||||
|
|
||||||
|
// get ontology name
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||||||
|
OntologyDao ontDao = wadf.getOntologyDao();
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|
String ontName = null;
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try {
|
||||||
|
Ontology ont = ontDao.getOntologyByURI(cls.getNamespace());
|
||||||
|
ontName = ont.getName();
|
||||||
|
} catch (Exception e) {}
|
||||||
|
ontName = (ontName == null) ? "" : ontName;
|
||||||
|
|
||||||
|
json += "\"ontology\": \"" + ontName + "\"} }";
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||||||
|
|
||||||
|
counter += 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
body.put("jsonTree",json);
|
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|
}
|
||||||
|
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||||||
|
} catch (Throwable t) {
|
||||||
|
t.printStackTrace();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return new TemplateResponseValues(TEMPLATE_NAME, body);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,247 @@
|
||||||
|
/* $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ */
|
||||||
|
|
||||||
|
package edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.net.URLEncoder;
|
||||||
|
import java.util.ArrayList;
|
||||||
|
import java.util.Collections;
|
||||||
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
import java.util.Iterator;
|
||||||
|
import java.util.LinkedList;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import javax.servlet.RequestDispatcher;
|
||||||
|
import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
|
||||||
|
import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang.StringUtils;
|
||||||
|
import org.apache.commons.logging.Log;
|
||||||
|
import org.apache.commons.logging.LogFactory;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.hp.hpl.jena.vocabulary.OWL;
|
||||||
|
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.auth.permissions.SimplePermission;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.auth.requestedAction.Actions;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.Ontology;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.VClass;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.VClassGroup;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.beans.ApplicationBean;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.VitroRequest;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker.responsevalues.ResponseValues;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.controller.freemarker.responsevalues.TemplateResponseValues;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.email.FreemarkerEmailFactory;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.OntologyDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.VClassDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.VClassGroupDao;
|
||||||
|
import edu.cornell.mannlib.vitro.webapp.dao.WebappDaoFactory;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
public class ShowClassHierarchyController extends FreemarkerHttpServlet {
|
||||||
|
|
||||||
|
private static final Log log = LogFactory.getLog(ShowClassHierarchyController.class.getName());
|
||||||
|
|
||||||
|
private static final String TEMPLATE_NAME = "siteAdmin-classHierarchy.ftl";
|
||||||
|
private int MAXDEPTH = 7;
|
||||||
|
|
||||||
|
private VClassDao vcDao = null;
|
||||||
|
|
||||||
|
private int previous_posn = 0;
|
||||||
|
private int childCount = 0;
|
||||||
|
private int uriCounter = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
protected Actions requiredActions(VitroRequest vreq) {
|
||||||
|
return SimplePermission.EDIT_ONTOLOGY.ACTIONS;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
protected ResponseValues processRequest(VitroRequest vreq) {
|
||||||
|
|
||||||
|
Map<String, Object> body = new HashMap<String, Object>();
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
String displayOption = "";
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( vreq.getParameter("displayOption") != null ) {
|
||||||
|
displayOption = vreq.getParameter("displayOption");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
displayOption = "asserted";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
body.put("displayOption", displayOption);
|
||||||
|
boolean inferred = ( displayOption.equals("inferred") );
|
||||||
|
if ( inferred ) {
|
||||||
|
body.put("pageTitle", "Inferred Class Hierarchy");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
body.put("pageTitle", "Asserted Class Hierarchy");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vreq.getAssertionsWebappDaoFactory() != null && !inferred) {
|
||||||
|
vcDao = vreq.getAssertionsWebappDaoFactory().getVClassDao();
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
vcDao = vreq.getFullWebappDaoFactory().getVClassDao();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
String json = new String();
|
||||||
|
|
||||||
|
String ontologyUri = vreq.getParameter("ontologyUri");
|
||||||
|
String startClassUri = vreq.getParameter("vclassUri");
|
||||||
|
|
||||||
|
List<VClass> roots = null;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (ontologyUri != null) {
|
||||||
|
roots = vcDao.getOntologyRootClasses(ontologyUri);
|
||||||
|
} else if (startClassUri != null) {
|
||||||
|
roots = new LinkedList<VClass>();
|
||||||
|
roots.add(vcDao.getVClassByURI(startClassUri));
|
||||||
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} else {
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||||||
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roots = vcDao.getRootClasses();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (roots.isEmpty()) {
|
||||||
|
roots = new LinkedList<VClass>();
|
||||||
|
roots.add(vreq.getFullWebappDaoFactory().getVClassDao()
|
||||||
|
.getTopConcept());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
Collections.sort(roots);
|
||||||
|
int counter = 0;
|
||||||
|
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||||||
|
Iterator rootIt = roots.iterator();
|
||||||
|
if (!rootIt.hasNext()) {
|
||||||
|
VClass vcw = new VClass();
|
||||||
|
vcw.setName("<strong>No classes found.</strong>");
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||||||
|
json += addVClassDataToResultsList(vreq.getFullWebappDaoFactory(), vcw,0,ontologyUri,counter);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
while (rootIt.hasNext()) {
|
||||||
|
VClass root = (VClass) rootIt.next();
|
||||||
|
if (root != null) {
|
||||||
|
json += addChildren(vreq.getFullWebappDaoFactory(), root, 0, ontologyUri,counter,"parent");
|
||||||
|
counter += 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
int length = json.length();
|
||||||
|
if ( length > 0 ) {
|
||||||
|
json += " }";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
body.put("jsonTree",json);
|
||||||
|
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|
} catch (Throwable t) {
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|
t.printStackTrace();
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|
}
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|
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||||||
|
return new TemplateResponseValues(TEMPLATE_NAME, body);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private String addChildren(WebappDaoFactory wadf, VClass parent, int position, String ontologyUri, int counter, String status) {
|
||||||
|
String rowElts = addVClassDataToResultsList(wadf, parent, position, ontologyUri, counter);
|
||||||
|
int childShift = (rowElts.length() > 0) ? 1 : 0; // if addVClassDataToResultsList filtered out the result, don't shift the children over
|
||||||
|
int length = rowElts.length();
|
||||||
|
String leaves = "";
|
||||||
|
leaves += rowElts;
|
||||||
|
List childURIstrs = vcDao.getSubClassURIs(parent.getURI());
|
||||||
|
if ((childURIstrs.size()>0) && position<MAXDEPTH) {
|
||||||
|
List childClasses = new ArrayList();
|
||||||
|
Iterator childURIstrIt = childURIstrs.iterator();
|
||||||
|
while (childURIstrIt.hasNext()) {
|
||||||
|
String URIstr = (String) childURIstrIt.next();
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
VClass child = (VClass) vcDao.getVClassByURI(URIstr);
|
||||||
|
if (!child.getURI().equals(OWL.Nothing.getURI())) {
|
||||||
|
childClasses.add(child);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} catch (Exception e) {}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
Collections.sort(childClasses);
|
||||||
|
Iterator childClassIt = childClasses.iterator();
|
||||||
|
while (childClassIt.hasNext()) {
|
||||||
|
VClass child = (VClass) childClassIt.next();
|
||||||
|
leaves += addChildren(wadf, child, position + childShift, ontologyUri, counter, "child");
|
||||||
|
if (!childClassIt.hasNext()) {
|
||||||
|
if ( ontologyUri == null ) {
|
||||||
|
leaves += " }] ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( ontologyUri != null && length > 0 ) {
|
||||||
|
// need this for when we show the classes associated with an ontology
|
||||||
|
String ending = leaves.substring(leaves.length() - 2, leaves.length());
|
||||||
|
if ( ending.equals("] ") ) {
|
||||||
|
log.debug("[1] leaves += }]");
|
||||||
|
leaves += "}]";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( ending.equals(" [") ){
|
||||||
|
log.debug("[2] leaves += ]");
|
||||||
|
leaves += "] ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
log.debug("[3] leaves += }]");
|
||||||
|
leaves += "}]";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
if ( ontologyUri == null ) {
|
||||||
|
leaves += "] ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( ontologyUri != null && length > 0 ) {
|
||||||
|
leaves += "] ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return leaves;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private String addVClassDataToResultsList(WebappDaoFactory wadf, VClass vcw, int position, String ontologyUri, int counter) {
|
||||||
|
String tempString = "";
|
||||||
|
if (ontologyUri == null || ( (vcw.getNamespace()!=null) && (vcw.getNamespace().equals(ontologyUri)) ) ) {
|
||||||
|
// first if statement ensures that the first class begins with correct format
|
||||||
|
if ( counter < 1 && position < 1 ) {
|
||||||
|
tempString += "{ \"name\": ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( position == previous_posn ) {
|
||||||
|
tempString += "}, { \"name\": ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( position > previous_posn ) {
|
||||||
|
tempString += " { \"name\": ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( position < previous_posn ) {
|
||||||
|
tempString += "}, { \"name\": ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
tempString += "\"<a href='vclassEdit?uri="+URLEncoder.encode(vcw.getURI(),"UTF-8")+"'>"+vcw.getLocalNameWithPrefix()+"</a>\", ";
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
tempString += "\" " + ((vcw.getLocalNameWithPrefix() == null) ? "" : vcw.getLocalNameWithPrefix()) + "\", ";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
tempString += "\"data\": { \"shortDef\": \"" + ((vcw.getShortDef() == null) ? "" : vcw.getShortDef()) + "\", ";
|
||||||
|
|
||||||
|
// Get group name if it exists
|
||||||
|
VClassGroupDao groupDao= wadf.getVClassGroupDao();
|
||||||
|
String groupURI = vcw.getGroupURI();
|
||||||
|
String groupName = null;
|
||||||
|
VClassGroup classGroup = null;
|
||||||
|
if(groupURI != null) {
|
||||||
|
classGroup = groupDao.getGroupByURI(groupURI);
|
||||||
|
if (classGroup != null) {
|
||||||
|
groupName = classGroup.getPublicName();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
tempString += "\"classGroup\": \"" + ((groupName == null) ? "" : groupName) + "\", ";
|
||||||
|
// Get ontology name
|
||||||
|
String ontName = null;
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
OntologyDao ontDao = wadf.getOntologyDao();
|
||||||
|
Ontology ont = ontDao.getOntologyByURI(vcw.getNamespace());
|
||||||
|
ontName = ont.getName();
|
||||||
|
} catch (Exception e) {}
|
||||||
|
|
||||||
|
tempString += "\"ontology\": \"" + ((ontName == null) ? "" : ontName) + "\"}, \"children\": [";
|
||||||
|
|
||||||
|
previous_posn = position;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return tempString;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
85
webapp/web/css/classHierarchy.css
Normal file
85
webapp/web/css/classHierarchy.css
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
||||||
|
/* $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ */
|
||||||
|
|
||||||
|
table.classHierarchy {
|
||||||
|
margin-left:25px;
|
||||||
|
margin-right:25px;
|
||||||
|
margin-bottom:22px;
|
||||||
|
font-size:.8em;
|
||||||
|
min-width:900px;
|
||||||
|
max-width:900px;
|
||||||
|
background-color:#f8f8f8;
|
||||||
|
border-style: solid;
|
||||||
|
border-width: 1px;
|
||||||
|
border-color: #f0f0f0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
table.classHierarchy td {
|
||||||
|
padding-left:6px;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
table.classHierarchy .classDetail {
|
||||||
|
width:90px;
|
||||||
|
color:#064D68;
|
||||||
|
white-space: nowrap;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
table.subclassTable {
|
||||||
|
margin-left:15px;
|
||||||
|
margin-bottom:4px;
|
||||||
|
margin-top:-4px;
|
||||||
|
display:none;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
td.subclassCell {
|
||||||
|
font-size:1.2em;
|
||||||
|
padding-bottom:4px;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
section#container div {
|
||||||
|
width:925px;
|
||||||
|
background-color:#f2f2f2;
|
||||||
|
vertical-align:middle;
|
||||||
|
height:26px;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
section#container div a {
|
||||||
|
margin-left: 6px;
|
||||||
|
font-weight: bold;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
section#container div span {
|
||||||
|
padding-right: 10px;
|
||||||
|
float: right;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
span.headerSpanPlus {
|
||||||
|
width: 12px;
|
||||||
|
background: url(../images/vitro_plus_sign.gif) left center no-repeat;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
span.headerSpanMinus {
|
||||||
|
width: 12px;
|
||||||
|
background: url(../images/vitro_minus_sign.gif) left center no-repeat;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
span.subclassExpandPlus {
|
||||||
|
padding-right: 14px;
|
||||||
|
background: url(../images/vitro_plus_sign.gif) left center no-repeat;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
span.subclassExpandMinus {
|
||||||
|
padding-right: 14px;
|
||||||
|
background: url(../images/vitro_minus_sign.gif) left center no-repeat;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
span#expandAll {
|
||||||
|
margin-right: 10px;
|
||||||
|
float: right;
|
||||||
|
font-size: 0.85em;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
div#expandLink {
|
||||||
|
margin-top:-10px;
|
||||||
|
width:100%;
|
||||||
|
margin-bottom:24px;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
label#displayOptions {
|
||||||
|
display:inline-block;
|
||||||
|
padding-right:6px;
|
||||||
|
margin-top:20px;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
table.innerDefinition {
|
||||||
|
margin-top:-5px;
|
||||||
|
margin-left:4px;
|
||||||
|
margin-right:4px;
|
||||||
|
margin-bottom:4px;
|
||||||
|
line-height:20px;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
BIN
webapp/web/images/vitro_minus_sign.gif
Normal file
BIN
webapp/web/images/vitro_minus_sign.gif
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 200 B |
BIN
webapp/web/images/vitro_plus_sign.gif
Normal file
BIN
webapp/web/images/vitro_plus_sign.gif
Normal file
Binary file not shown.
|
After Width: | Height: | Size: 324 B |
269
webapp/web/js/siteAdmin/classHierarchyUtils.js
Normal file
269
webapp/web/js/siteAdmin/classHierarchyUtils.js
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,269 @@
|
||||||
|
/* $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ */
|
||||||
|
|
||||||
|
var classHierarchyUtils = {
|
||||||
|
onLoad: function(urlBase,displayOption) {
|
||||||
|
this.imagePath = urlBase + "/images/";
|
||||||
|
this.initObjects();
|
||||||
|
this.expandAll.hide();
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( displayOption == "all" ) {
|
||||||
|
this.buildAllClassesHtml();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( displayOption == "group" ) {
|
||||||
|
this.buildClassGroupHtml();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
this.buildClassHierarchyHtml();
|
||||||
|
this.wireExpandLink();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( displayOption == "asserted" || displayOption == "inferred" ) {
|
||||||
|
this.expandAll.show();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
this.bindEventListeners();
|
||||||
|
},
|
||||||
|
|
||||||
|
initObjects: function() {
|
||||||
|
this.expandAll = $('span#expandAll').find('a');
|
||||||
|
this.classCounter = 1;
|
||||||
|
this.expandCounter = 1;
|
||||||
|
this.classHtml = "";
|
||||||
|
this.clickableSpans = [] ;
|
||||||
|
this.form = $('form#classHierarchyForm');
|
||||||
|
this.select = $('select#displayOption');
|
||||||
|
this.addClass = $('input#addClass');
|
||||||
|
},
|
||||||
|
|
||||||
|
bindEventListeners: function() {
|
||||||
|
this.select.change(function() {
|
||||||
|
if ( classHierarchyUtils.select.val() == "all") {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.form.attr("action", "listVClassWebapps");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else if ( classHierarchyUtils.select.val() == "group") {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.form.attr("action", "listGroups");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.form.submit();
|
||||||
|
});
|
||||||
|
this.addClass.click(function() {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.form.attr("action", "vclass_retry");
|
||||||
|
classHierarchyUtils.form.submit();
|
||||||
|
});
|
||||||
|
},
|
||||||
|
|
||||||
|
buildClassHierarchyHtml: function() {
|
||||||
|
|
||||||
|
$.each(json, function() {
|
||||||
|
$newClassSection = jQuery("<section></section>", {
|
||||||
|
id: "classContainer" + classHierarchyUtils.classCounter
|
||||||
|
});
|
||||||
|
var descendants = "";
|
||||||
|
var headerSpan = "";
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.children.length ) {
|
||||||
|
descendants = classHierarchyUtils.getTheChildren(this);
|
||||||
|
headerSpan = "<span class='headerSpanPlus' id='headerSpan" + classHierarchyUtils.classCounter
|
||||||
|
+ "' view='less'> </span>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<div>" + this.name + headerSpan + "</div>" + "<table class='classHierarchy' id='classHierarchy"
|
||||||
|
+ classHierarchyUtils.classCounter + "'>" ;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.shortDef.length > 0 ) {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td colspan='2'>" + this.data.shortDef + "</td></tr>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.classGroup.length > 0 ) {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td class='classDetail'>Class Group:</td><td>" + this.data.classGroup + "</td></tr>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td class='classDetail'>Ontology:</td><td>" + this.data.ontology + "</td></tr>";
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += descendants;
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "</table>";
|
||||||
|
// alert(classHierarchyUtils.classHtml);
|
||||||
|
$newClassSection.html(classHierarchyUtils.classHtml);
|
||||||
|
$newClassSection.appendTo($('section#container'));
|
||||||
|
classHierarchyUtils.makeHeaderSpansClickable(classHierarchyUtils.classCounter);
|
||||||
|
classHierarchyUtils.makeSubclassSpansClickable();
|
||||||
|
classHierarchyUtils.clickableSpans = [] ;
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml = "";
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classCounter += 1;
|
||||||
|
});
|
||||||
|
},
|
||||||
|
|
||||||
|
getTheChildren: function(node) {
|
||||||
|
var childDetails = "";
|
||||||
|
var ctr = 0
|
||||||
|
$.each(node.children, function() {
|
||||||
|
if ( ctr == 0 ) {
|
||||||
|
childDetails += "<tr><td class='classDetail'>Subclasses:</td>";
|
||||||
|
ctr = ctr + 1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
childDetails += "<tr><td></td>" ;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
childDetails += "<td class='subclassCell'><span class='subclassExpandPlus' id='subclassExpand"
|
||||||
|
+ classHierarchyUtils.expandCounter + "'> </span>"
|
||||||
|
+ this.name + "</td></tr><tr><td></td><td><table id='subclassTable"
|
||||||
|
+ classHierarchyUtils.expandCounter + "' class='subclassTable'>";
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.clickableSpans.push('subclassExpand' + classHierarchyUtils.expandCounter);
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.expandCounter += 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.shortDef.length > 0 ) {
|
||||||
|
childDetails += "<tr><td colspan='2'>" + this.data.shortDef + "</td></tr>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.classGroup.length > 0 ) {
|
||||||
|
childDetails += "<tr><td class='classDetail'>Class Group:</td><td>" + this.data.classGroup + "</td></tr>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
childDetails += "<tr><td class='classDetail'>Ontology:</td><td>" + this.data.ontology + "</td></tr>";
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.children ) {
|
||||||
|
var grandChildren = classHierarchyUtils.getTheChildren(this);
|
||||||
|
childDetails += grandChildren;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
});
|
||||||
|
childDetails += "</table></td></tr>";
|
||||||
|
return childDetails;
|
||||||
|
},
|
||||||
|
|
||||||
|
makeHeaderSpansClickable: function(ctr) {
|
||||||
|
|
||||||
|
var $clickableHeader = $('section#classContainer' + ctr).find('span.headerSpanPlus');
|
||||||
|
|
||||||
|
$clickableHeader.click(function() {
|
||||||
|
if ( $clickableHeader.attr('view') == "less" ) {
|
||||||
|
$clickableHeader.addClass("headerSpanMinus");
|
||||||
|
$('table#classHierarchy' + ctr).find('span').addClass("subclassExpandMinus");
|
||||||
|
$('table#classHierarchy' + ctr).find('table.subclassTable').show();
|
||||||
|
$clickableHeader.attr('view', 'more' );
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
$clickableHeader.removeClass("headerSpanMinus");
|
||||||
|
$('table#classHierarchy' + ctr).find('span').removeClass("subclassExpandMinus");
|
||||||
|
$('table#classHierarchy' + ctr).find('table.subclassTable').hide();
|
||||||
|
$clickableHeader.attr('view', 'less' );
|
||||||
|
}
|
||||||
|
});
|
||||||
|
},// $('myOjbect').css('background-image', 'url(' + imageUrl + ')');
|
||||||
|
|
||||||
|
makeSubclassSpansClickable: function() {
|
||||||
|
$.each(classHierarchyUtils.clickableSpans, function() {
|
||||||
|
var currentSpan = this;
|
||||||
|
var $clickableSpan = $('section#container').find('span#' + currentSpan);
|
||||||
|
var $subclassTable = $('section#container').find('table#subclassTable' + currentSpan.replace("subclassExpand",""));
|
||||||
|
|
||||||
|
$clickableSpan.click(function() {
|
||||||
|
if ( $subclassTable.is(':visible') ) {
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||||||
|
$subclassTable.hide();
|
||||||
|
$subclassTable.find('table.subclassTable').hide();
|
||||||
|
$subclassTable.find('span').removeClass("subclassExpandMinus");
|
||||||
|
$clickableSpan.removeClass("subclassExpandMinus");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
$subclassTable.show();
|
||||||
|
$clickableSpan.addClass("subclassExpandMinus");
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||||||
|
}
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||||||
|
});
|
||||||
|
});
|
||||||
|
},
|
||||||
|
|
||||||
|
wireExpandLink: function() {
|
||||||
|
this.expandAll.click(function() {
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||||||
|
if ( classHierarchyUtils.expandAll.text() == "expand all" ) {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.expandAll.text("collapse all");
|
||||||
|
$('span.headerSpanPlus').addClass("headerSpanMinus");
|
||||||
|
$('table.classHierarchy').find('span').addClass("subclassExpandMinus");
|
||||||
|
$('table.classHierarchy').find('table.subclassTable').show();
|
||||||
|
$('section#container').find('span.headerSpanPlus').attr('view','more');
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else {
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||||||
|
classHierarchyUtils.expandAll.text("expand all");
|
||||||
|
$('span.headerSpanPlus').removeClass("headerSpanMinus");
|
||||||
|
$('table.classHierarchy').find('span').removeClass("subclassExpandMinus");
|
||||||
|
$('table.classHierarchy').find('table.subclassTable').hide();
|
||||||
|
$('section#container').find('span.headerSpanPlus').attr('view','less');
|
||||||
|
}
|
||||||
|
});
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||||||
|
},
|
||||||
|
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|
buildAllClassesHtml: function() {
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||||||
|
$.each(json, function() {
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|
$newClassSection = jQuery("<section></section>", {
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|
id: "classContainer" + classHierarchyUtils.classCounter
|
||||||
|
});
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||||||
|
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||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<div>" + this.name + "</div>" + "<table class='classHierarchy' id='classHierarchy"
|
||||||
|
+ classHierarchyUtils.classCounter + "'>" ;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.shortDef.length > 0 ) {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td colspan='2'>" + this.data.shortDef + "</td></tr>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.classGroup.length > 0 ) {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td class='classDetail'>Class Group:</td><td>" + this.data.classGroup + "</td></tr>";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td class='classDetail'>Ontology:</td><td>" + this.data.ontology + "</td></tr>";
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "</table>";
|
||||||
|
|
||||||
|
$newClassSection.html(classHierarchyUtils.classHtml);
|
||||||
|
$newClassSection.appendTo($('section#container'));
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml = "";
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classCounter += 1;
|
||||||
|
});
|
||||||
|
},
|
||||||
|
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||||||
|
buildClassGroupHtml: function() {
|
||||||
|
|
||||||
|
$.each(json, function() {
|
||||||
|
$newClassSection = jQuery("<section></section>", {
|
||||||
|
id: "classContainer" + classHierarchyUtils.classCounter
|
||||||
|
});
|
||||||
|
var descendants = "";
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.children.length ) {
|
||||||
|
var ctr = 0;
|
||||||
|
$.each(this.children, function() {
|
||||||
|
if ( ctr == 0 ) {
|
||||||
|
descendants += "<tr><td class='classDetail'>Classes:</td>";
|
||||||
|
ctr = ctr + 1;
|
||||||
|
}
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||||||
|
else {
|
||||||
|
descendants += "<tr><td></td>" ;
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
descendants += "<td class='subclassCell'>" + this.name + "</td></tr>";
|
||||||
|
descendants += "<tr><td></td><td><table class='innerDefinition'><tr><td>" + this.data.shortDef + "</td></tr></table></td></tr>";
|
||||||
|
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|
});
|
||||||
|
descendants += "</table></td></tr>";
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<div>" + this.name + "</div>" + "<table class='classHierarchy' id='classHierarchy"
|
||||||
|
+ classHierarchyUtils.classCounter + "'>" ;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ( this.data.displayRank.length > 0 ) {
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "<tr><td class='classDetail'>Display Rank:</td><td>" + this.data.displayRank + "</td></tr>"
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += descendants;
|
||||||
|
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml += "</table>";
|
||||||
|
// alert(classHierarchyUtils.classHtml);
|
||||||
|
$newClassSection.html(classHierarchyUtils.classHtml);
|
||||||
|
$newClassSection.appendTo($('section#container'));
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classHtml = "";
|
||||||
|
classHierarchyUtils.classCounter += 1;
|
||||||
|
});
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,43 @@
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|
<#-- $This file is distributed under the terms of the license in /doc/license.txt$ -->
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|
<section role="region">
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|
|
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|
<h2>${pageTitle!}</h2>
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<#if !displayOption?has_content>
|
||||||
|
<#assign displayOption = "asserted">
|
||||||
|
</#if>
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||||||
|
<form name="classHierarchyForm" id="classHierarchyForm" action="showClassHierarchy" method="post" role="classHierarchy">
|
||||||
|
<label id="displayOptionLabel" class="inline">Display Options</label>
|
||||||
|
<select id="displayOption" name="displayOption">
|
||||||
|
<option value="asserted" <#if displayOption == "asserted">selected</#if> >Asserted Class Hierarchy</option>
|
||||||
|
<option value="inferred" <#if displayOption == "inferred">selected</#if> >Inferred Class Hierarchy</option>
|
||||||
|
<option value="all" <#if displayOption == "all">selected</#if> >All Classes</option>
|
||||||
|
<option value="group" <#if displayOption == "group">selected</#if> >Classes by Class Group</option>
|
||||||
|
</select>
|
||||||
|
<input id="addClass" value="Add New Class" class="form-button" type="submit" />
|
||||||
|
</form>
|
||||||
|
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||||||
|
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||||||
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||||||
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||||||
|
<div id="expandLink"><span id="expandAll" ><a href="#" title="expand all">expand all</a></span></div>
|
||||||
|
<section id="container">
|
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|
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|
</section>
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|
</section>
|
||||||
|
<script language="javascript" type="text/javascript" >
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||||||
|
var json = [${jsonTree!}];
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|
</script>
|
||||||
|
|
||||||
|
<script language="javascript" type="text/javascript" >
|
||||||
|
$(document).ready(function() {
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|
classHierarchyUtils.onLoad("${urls.base!}","${displayOption!}");
|
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|
});
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|
</script>
|
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|
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||||||
|
${stylesheets.add('<link rel="stylesheet" href="${urls.base}/css/classHierarchy.css" />')}
|
||||||
|
|
||||||
|
${scripts.add('<script type="text/javascript" src="${urls.base}/js/jquery-ui/js/jquery-ui-1.8.9.custom.min.js"></script>',
|
||||||
|
'<script type="text/javascript" src="${urls.base}/js/siteAdmin/classHierarchyUtils.js"></script>')}
|
||||||
|
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